در مودال، مورفیوس و چند مأمور صحنه‌ی فرار ترینیتی را بازآفرینی می‌کنند، در حالی که سکویا و باگز آن‌ها را زیر نظر دارند. اما زمانی که نسخه‌ی جعلی ترینیتی تقریباً فرار می‌کند، توسط اسمیت-مورفیوس پیدا شده و باگز نیز توسط مأموران گرفتار می‌شود. در آخرین لحظه، مورفیوس و باگز وارد اتاقی می‌شوند که شبیه به اتاق توماس اندرسون (نیو) در ابتدای فیلم ماتریکس (۱۹۹۹) است. باگز به مورفیوس می‌گوید که حضور نیو باعث شد او به واقعی نبودن ماتریکس پی ببرد، در حالی که مورفیوس این را از طریق مشاهده‌ی کدهای ماتریکس در آب متوجه شد. سپس باگز با دادن قرص قرمز به مورفیوس، او را آزاد می‌کند، چراکه مورفیوس اعلام کرده هدفش پیدا کردن نیو است. هنگامی که آن دو فرار می‌کنند، مأموران تلاش می‌کنند آن‌ها را بکشند، اما سکویا مسیر فراری را به باگز و مورفیوس نشان می‌دهد و از طریق دری، آن‌ها را از ماتریکس خارج می‌کند.

در شرکت Deus Machina، توماس اندرسون در حال کار بر روی بازی ویدیویی ماتریکس است که متوجه اختلالی در مودال می‌شود. او تلاش می‌کند این ناهنجاری را پیدا کند، اما ورود ناگهانی جود او را متوقف می‌کند. با صدای زنگ تلفن آیفون توماس، او می‌گوید که وقت استراحت و قهوه رسیده است. جود، توماس را به کافی‌شاپ Simulatte می‌برد تا درباره‌ی مفاهیم بازی ویدیویی ماتریکس صحبت کنند. در همین حین، تیفانی به همراه فرزندانش وارد کافی‌شاپ می‌شود. جود متوجه نگاه‌های توماس به تیفانی شده و او را به تیفانی معرفی می‌کند، با اینکه توماس مخالفت می‌کند. بعد از این ملاقات، در دفتر کارش، توماس سعی می‌کند خاطره‌ی دست دادن با تیفانی را حفظ کند و سپس دوباره به کار برمی‌گردد. وقتی او مودال را باز می‌کند، متوجه می‌شود که دیگر وجود ندارد. او تلاش می‌کند آن را بازیابی کند، اما سیستم تنها پیام “پرونده حذف شد” را نمایش می‌دهد. در همین لحظه، یکی از کارکنان در را باز کرده و به توماس می‌گوید که رئیسش، اسمیت، می‌خواهد او را در دفترش ببیند.