نیو وارد منبع می‌شود و با مردی ریش‌دار در یک کت‌وشلوار رسمی، معمار، خالق ماتریکس، روبه‌رو می‌شود. معمار حقیقتی شوکه‌کننده را فاش می‌کند:

• ماتریکس تاکنون چندین بار از نو ساخته شده است، و با آن، شش نسخه‌ی مختلف از “برگزیده” نیز وجود داشته‌اند.
• برگزیده تنها یک “نقص سیستمی” است که خودِ ماتریکس آن را برای اعمال کنترل طراحی کرده است.
• طبق پیشگویی، برگزیده باید به منبع برسد، ماتریکس را نابود کند و بشریت را آزاد سازد.

اما حقیقت این است که هدف واقعی برگزیده چیز دیگری است:

• برگزیده باید به منبع بازگردد و کدی که درون خود دارد را منتشر کند.
• سپس، ۱۶ زن و ۷ مرد را برای بازسازی زایان پس از نابودی آن انتخاب کند.
• این روند، زایان را مجدداً احیا کرده و بستری برای کسانی که ماتریکس را رد می‌کنند فراهم می‌کند.

این چرخه‌ی تکرارشونده باعث می‌شود که:

• مخالفان ماتریکس در یک مکان مشخص (زایان) متمرکز شوند و راحت‌تر تحت کنترل قرار بگیرند.
• خطر آن‌ها برای تعادل و پایداری سیستم از بین برود.

معمار به نیو هشدار می‌دهد که اگر او از این روند سرپیچی کند، ماتریکس دچار یک فروپاشی فاجعه‌بار خواهد شد که موجب مرگ تمام انسان‌های متصل به سیستم می‌شود.
در این صورت، با نابودی زایان و ماتریکس، بشریت به طور کامل منقرض خواهد شد. پس از یک گفتگوی طولانی، معمار دو راه پیش روی نیو قرار می‌دهد:

1. رفتن به منبع و آغاز دوباره‌ی چرخه‌ی کنترل‌شده‌ی نابودی و بازسازی زایان.
2. بازگشت به ماتریکس برای نجات ترینیتی.

نیو راه دوم را انتخاب می‌کند. او از ساختمان خارج شده و با سرعتی باورنکردنی برای نجات ترینیتی پرواز می‌کند. درست همان‌طور که در خواب‌هایش دیده بود، ترینیتی توسط یک مأمور هدف گلوله قرار می‌گیرد و در حال سقوط است. نیو او را در آخرین لحظه قبل از برخورد با زمین می‌گیرد. اما ترینیتی در حال مرگ است. نیو که نمی‌خواهد او را از دست بدهد، گلوله را از سینه‌ی او خارج می‌کند و قلبش را دوباره به تپش درمی‌آورد، معجزه‌ای که حتی در دنیای واقعی هم به نظر غیرممکن می‌رسد.