در دنیای واقعی، خدمه‌ی باقی‌مانده‌ی نبکنازار و هَمِر با کشتی لوگوس و خدمه‌ی آن، به فرماندهی نایوبی روبه‌رو می‌شوند. آن‌ها موفق می‌شوند کشتی غیرفعال‌شده را دوباره فعال کنند و بازجویی از بِین را که حالا به هوش آمده، آغاز کنند. بین ادعا می‌کند که هیچ خاطره‌ای از نبرد قبلی ندارد. نیو پس از تأمل در بینش‌هایش، اعلام می‌کند که به یک کشتی نیاز دارد تا به شهر ماشین‌ها سفر کند، هرچند که دلیل آن را نمی‌داند. رولند، کاپیتانِ همر، از دادن کشتی به او خودداری می‌کند، اما نایوبی—که اوراکل به او گفته بود که باید بین کمک کردن یا نکردن به نیو، انتخابی داشته باشد—اجازه می‌دهد که نیو لوگوس را بردارد. ترینیتی نیز تصمیم می‌گیرد که او را همراهی کند.

دو گروه از خدمه‌ی باقی‌مانده تصمیم می‌گیرند به زایان بازگردند و از ارتش سنتینل‌ها دوری کنند. برای این کار، آن‌ها قصد دارند همر را از میان مجموعه‌ای از تونل‌های سرویس که مسیری تقریباً غیرقابل عبور دارد، هدایت کنند. اندکی پس از حرکت، خدمه‌ی همر متوجه می‌شوند که بِین یکی از اعضای خدمه را به قتل رسانده و مخفیانه سوار لوگوس شده است. اما آن‌ها نمی‌توانند بازگردند و ترینیتی و نیو را از این خطر مطلع کنند.

پیش از اینکه کشتی لوگوس بتواند حرکت کند، بین به ترینیتی حمله کرده و او را گروگان می‌گیرد. نیو با بین مبارزه می‌کند و بین فاش می‌کند که در واقع تجسمی از اسمیت است. در جریان درگیری، بین/اسمیت با استفاده از یک کابل الکتریکی جداشده، چشمان نیو را می‌سوزاند و او را نابینا می‌کند. زمانی که بین/اسمیت به نظر می‌رسد که کنترل کامل مبارزه را به دست آورده و به نیو نزدیک می‌شود تا ضربه‌ی نهایی را وارد کند، ناگهان نیو حمله‌ی او را خنثی کرده و ورق را برمی‌گرداند. نیو، با وجود نابینایی، می‌تواند اسمیت را که در بدن بین قرار دارد، به‌صورت شکلی آتشین ببیند. با این توانایی جدید برای دیدن ماشین‌ها به‌صورت کدهای منبع، نیو سر بین/اسمیت را با همان اهرمی که او قصد داشت نیو را با آن بکشد، خرد کرده و او را می‌کشد.

پس از پایان این درگیری، نیو ترینیتی را آزاد می‌کند. او نیز کشتی را به‌سوی شهر ماشین‌ها هدایت می‌کند (که احتمالاً همان «صفر و یک» است که در رنسانس دوم توصیف شده بود).