جنگ دوم ماشین‌ها یک درگیری جهانی گسترده بود که پس از پایان آتش‌بس، همان‌طور که در بازی ماتریکس آنلاین پوشش داده شده است، رخ داد.

این جنگ زمانی آغاز شد که مردم زایان به‌صورت مخفیانه ساخت زایان جدید، دومین شهر انسانی، را آغاز کردند و یکی از شرایط آتش‌بس را نقض کردند؛ توافقی که تصور می‌شد حداکثر هفت سال اعتبار داشته باشد. یکی از ماشین‌ها این ماجرا را کشف کرد و توسط انسان‌ها نابود شد. اما پیش از نابود شدن، اطلاعات را منتقل کرد و یک مأمور موفق شد معمار را از این وضعیت مطلع کند.