دو تا اعتراض رایج به این تحلیل وجود داره:

1. اعتراض اول: این که آلیس توی نسخه‌ی گانگستری معمای زندانی، وقتی بدونه که باب همکاری کرده، به خیانت دست نمی‌زنه. دلایل مختلفی هم برای این ادعا آورده می‌شه، که بستگی به برداشت آدم از شرایط توی شیکاگوی آل‌کاپون داره. ولی این اعتراض اصلاً اصل موضوع رو نمی‌گیره. اگه آلیس حاضر نباشه خیانت کنه وقتی بدونه باب همکاری کرده، پس اصلاً معمای زندانی رو بازی نمی‌کنه! توی اینجور مواقع و جاهای دیگه، مهمه که داستان‌هایی که برای توضیح بازی‌ها گفته می‌شن رو زیادی جدی نگیریم. چیزی که معمای زندانی رو تعریف می‌کنه، جدول منفعت‌ها در شکل  هست، نه داستان‌های مضحک و دراماتیکی که باهاش همراه می‌شن.

2. اعتراض دوم: همیشه برام عجیبه! می‌گن که ارجاع به نظریه‌ی ترجیحات آشکار باعث می‌شه ادعا که خیانت توی معمای زندانی منطقیه، تبدیل به یک درست‌نما (tautology) بشه. از اونجایی که درست‌نما هیچ محتوای حقیقی نداره، این ادعا هم قابل چشم‌پوشیه! اما کی می‌گه 2 + 2 = 4 رو باید نادیده گرفت؟

یه جواب جایگزین اینه که اصلاً مهم نیست توی معمای زندانی چه چیزی منطقیه، چون آزمایش‌های آزمایشگاهی نشون می‌دن که آدم‌های واقعی بیشتر از این که خیانت کنن، رفیق‌بازی می‌کنن. توی این آزمایش‌ها معمولاً منفعت‌ها با استفاده از نظریه ترجیحات آشکار تعیین نمی‌شن و تقریباً همیشه پول نقد هستن، ولی نتایجشون باز هم خیلی آموزنده‌ست.

شرکت‌کننده‌های بی‌تجربه واقعاً یه کم بیشتر از نصف مواقع همکاری می‌کنن، ولی شواهد نشون می‌ده که توی بازی‌هایی مثل معمای زندانی، نرخ خیانت کم‌کم زیاد می‌شه. تا جایی که بعد از حدود ۱۰ دور بازی، فقط ۱۰٪ از شرکت‌کننده‌ها هنوز به همکاری ادامه می‌دن.

یه سری شبیه‌سازی‌های کامپیوتری هم مطرح می‌شن که ظاهراً نشون می‌دن تکامل در نهایت همکاری رو توی معمای زندانی ایجاد می‌کنه. ولی منتقدهای این ماجرا معمولاً معمای زندانی رو با نسخه تکرار نامحدودش قاطی می‌کنن، نسخه‌ای که واقعاً توش همکاری می‌تونه یه تعادل نش باشه.